Kemudian pada 5 September 2024, Paus Fransiskus akan menghadiri interreligious meeting atau pertemuan dengan para tokoh antaragama di Masjid Istiqlal Jakarta disusul pertemuan dengan misa akbar di Stadion Utama GBK Jakarta yang bakal dihadiri puluhan ribu umat Katolik. 

Selanjutnya, Paus Fransiskus bertolak dari Jakarta menuju Port Moresby, Papua Nugini pada 6 September 2024 sekitar pukul 9.45 WIB melalui Bandara Internasional Soekarno-Hatta. Dengan ini, maka mengakhiri perjalanan apostolik dan kunjungan kenegaraan Paus Fransiskus di Indonesia.